Sus estudios universitarios

Su primera vocación se orientó hacia las leyes, por lo que decidió estudiar derecho. No obstante, su padre lo hace desistir y finalmente se decide por Medicina en la Universidad Central de Venezuela (UCV), carrera que enrumba por los caminos de la Biología. Para aquel entonces las habilidades de José Gregorio Hernández eran múltiples: hablaba inglés, alemán, francés, italiano, portugués y dominaba el latín; era filósofo, músico y poseía profusos conocimientos acerca de teología. Se doctoró en la UCV el 29 de junio de 1888 y colocó así broche de oro a un fructífero desempeño evidenciado por maestros de la talla de Adolfo Ernst, considerado el fundador de la escuela positivista venezolana, y Adolfo Frydensberg, cofundador de la Sociedad Química de Caracas así como de la Sociedad Farmacéutica de Venezuela, de quienes fue alumno.

A tan sólo pocos días de obtener el título de doctor en Medicina sacó a colación dos temas que posteriormente desarrollaría ante un jurado examinador. En primer lugar contrastaría la doctrina de Laennec, que asienta que la existencia del tubérculo es factor suficiente para la constitución de la tuberculosis revolucionaria teoría unitaria, frente a la escuela de Virchow, que sostiene la dualidad, según la cual la tuberculosis y la neumonía eran dos enfermedades distintas sin ninguna capacidad contagiosa. En segundo lugar, profundizaría en el tema de la fiebre tifoidea típica de presentarse en Caracas. La escogencia de ambos temas no eran más que un indicio de lo que más adelante se convertiría en el eje de su profesión médica, las enfermedades bacterianas, tanto así que posteriormente fundó la Cátedra de Bacteriología en Venezuela.

Una vez graduado decide regresar a su tierra natal trujillana para ejercer entre los tres estados andinos venezolanos. Cumplida su deuda de servicio con su hogar geográfico, regresa a Caracas donde comienza su actuación como científico, filósofo y filántropo.

Una razón de peso justificaba el regreso de Hernández a la capital, uno de sus profesores y amigo, el Dr. Calixto González, lo había recomendado al Gobierno para una beca de estudios en Europa. El presidente de la República, Juan Pablo Rojas Paúl, en vista de la escasez de médicos dedicados a la experimentación para el año 1889, decreta que por cuenta del Gobierno, el joven galeno venezolano sea trasladase a Francia a estudiar Teoría y Práctica en las especialidades de Microscopia, Histología normal y patológica, Bacteriología y Fisiología Experimental.