Los Viajeros de Indias fue tan sólo el comienzo del aporte de Herrera Luque a la literatura. Esta obra - que nació producto de su tesis de doctorado – trata sobre una serie de "enfermedades y "criminalidad morbosa" dejada en tierras americanas por los conquistadores españoles. Su obsesión por conocer los orígenes de las personalidades de los habitantes de Hispanoamérica, lo condujo a una aproximación en el estudio de la herencia y la genética, cuando aún no habían cobrado importancia en Latinoamérica y el mundo.

Ocho años después, en 1969, el médico y escritor publicó su libro La Huella Perenne, galardonado ese mismo año con el Premio Nacional de Medicina. Sus ansias de investigación histórica lo llevaron a producir un análisis de la ascendencia patológica de hombres y mujeres pertenecientes a las monarquías europeas y de oligarcas en América Latina, desde comienzos del siglo VIII hasta el siglo XX. La Huella Perenne no es más que el estudio científico-histórico de nuestras raíces desde los tiempos más remotos.

Ese mismo año aparece: Las personalidades psicopáticas, libro en el que Herrera Luque hace un acucioso estudio de las diferentes patologías encontradas en los seres humanos, sus teóricos, así como sus planteamientos. Esta obra representa un paréntesis dentro de su narrativa, ya que el lenguaje utilizado es expresamente científico.

En 1972, irrumpe con la obra titulada: Boves el Urogallo, en la que narra la historia fabulada acerca de la personalidad de José Tomás Boves, quién fuera como lo define Herrera Luque "aquél fabuloso guerrero asturiano, que entre 1813 y 1814 fue el paladín de la antirrepública, el destructor afiebrado del orden colonial y el primer caudillo de la democracia en Venezuela". A esta obra le siguen: En la casa del pez que escupe el agua (1975) y Los amos del valle (1979).

Sesenta años de la historia venezolana desfilan por las páginas de este libro en la amena prosa de Francisco Herrera Luque. Todo el proceso que condujo a Juan Vicente Gómez al poder y las alternativas de su mandato. El papel decisivo de las oligarquías caraqueña y valenciana. El nacimiento de la Venezuela petrolera y la transformación radical que sufre el país son los aspectos fundamentales de esta novela histórica.

La colonización española de Venezuela se va haciendo por etapas. Los primeros en llegar son aventureros sin nombre ni fortuna que se reproducen con las indias del lugar. Después llegan los segundones de la península, sin un centavo pero con apellidos distinguidos. A través de sus hijas, los primeros colonizadores entroncan con estos aristócratas. Así nacieron "Los Amos del Valle". Una oligarquía despiadada y cruel, de dudosos ancestros, con fortunas logradas mediante el tráfico del cacao. Su historia se confunde con la de la ciudad y la del país. Sobre el marco de la verdad histórica, Herrera Luque crea personajes de ficción que viven la apasionante aventura colonial en un clima de violencia, sensualidad y sadismo, pocas veces planteado con tanta maestría en la literatura sudamericana contemporánea.

La re-creación de hechos históricos, una prosa y un lenguaje metafórico muy bien empleados, se conjugan en "La Historia Fabulada" (1981-1983). Aquí Herrera Luque demuestra sus verdaderos dotes como novelista y ensayista interpretativo.

En 1983 nos presenta una serie de ensayos agrupados en un solo libro titulado: " Bolívar de carne y hueso y otros ensayos", en el que muestra a un Bolívar más allá de su personalidad relatada en los libros de historia. Nos ofrece una visión distinta de la personalidad de El Libertador, así como también de otros personajes como lo son: Boves, Gómez, y Betancourt.

Esta obra de Francisco Herrera Luque ha sido considerada como una de las más logradas de la novelística contemporánea. Se trata de la historia fabulada, pero cierta, de Felipe Von Hutten, gentilhombre de Franconia, criado en las gradas del trono de Carlos V. Fausto, el célebre nigromante que aún se tiene por legendario, le vaticina en Würzburg, luego de leer su horóscopo, un trágico final si se enrola en la expedición que organizan los banqueros Welser en busca de El Dorado, la ciudad de los techos de oro inmersa en la Amazonia.

Es la historia fabulada de Manuel Piar, uno de los cuatro grandes protagonistas militares de la Independencia de Venezuela. El misterio en torno a su origen adquiere contornos de leyenda cuando se sugiere que podría ser hermanastro bastardo de Simón Bolívar; el otro gran personaje de esta novela, cuya trama desarrolla la compleja relación de amor y odio entre ambos próceres.

En esta obra Francisco Herrera Luque recrea, a través de la crónica novelada de la gestación, configuración y consolidación de la nación venezolana, la vida del dictador Antonio Guzmán Blanco, uno de "Los Cuatro Reyes de la Baraja" que mayor influencia ejercieron en la creación de la Venezuela actual. Estructurada en tres partes, la novela presenta una aguda crítica de los males comunes a otras muchas naciones hispanoamericanas: la incapacidad para asumir su esencia mestiza, la fascinación degradante por Europa -especialmente Francia-, el desprecio por las libertades, la falta de respeto por el adversario y el culto fanático por el amiguismo.

Lo narrado corresponde al presente venezolano e hispanoamericano, pues aunque se trata de sucesos totalmente imaginarios, el autor los sitúa en un lapso comprendido entre la década de los 70 y 1998. Lo más curioso es que, escrita hace varios años, los hechos que narra el novelista, dentro de su textura imaginaria, fantasiosa y también humorística, se parecen extraordinariamente a mucho de lo que ha ocurrido y está ocurriendo, en los últimos años en el mundo y en nuestros países, especialmente Venezuela y Perú.

"Bolívar en Vivo" está redactado dentro del espíritu de lo que Herrera Luque denomino la "Historia Fabulada" pero no es una novela, es un coloquio. En él, el autor y el poeta Miguel Otero Silva (1908-1985) hilvanan una sabrosa charla con Simón Bolívar, palique que los lleva a tocar asuntos focales de la vida del caraqueño. Y este les responde todo lo relativo al fusilamiento de Piar, a sus relaciones con Manuelita Sáenz, el Precursor Miranda, su experiencia haitiana, el significado que tuvieron en su vida los años 1814-1816, la Conferencia de Guayaquil y la crisis final de la Gran Colombia.