La Facultad de Ciencias Físicas y Matemáticas fue creada, en sustitución de la Escuela de Ingeniería, por el Estatuto Orgánico de las Universidades Nacionales en 1946. Esa nueva Facultad comprendía tres Escuelas: Ingeniería, Arquitectura y Ciencias. De éstas, la última fue proyectada para desarrollar la investigación e impartir la enseñanza de las diversas ramas de las ciencias básicas.

En 1950 la Escuela de Ciencias se transformó en Facultad. Su función independiente comenzó en 1958, con las Escuelas de Biología, Física, Matemática y Química. En 1968 se creó la Licenciatura de Computación, la cual se integró a la Escuela de Física y Matemática. Finalmente, en 1996 se creó la Licenciatura de Geoquímica, perteneciente a la Escuela de Química.